NuRNA? Human Epitranscriptomics PCR芯片

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    芯片 规格 描述
    NuRNA? Human Epitranscriptomics PCR Array 384-well(4*96)/ plate 同时检测89个已知的或潜在的表观转录修饰相关蛋白

          近年来,RNA修饰所介导的基因表达调控不断取得突破性进展,直接导致了表观转录组学(Epitranscriptomics)的诞生。最新研究发现,m6A、m5C、m1A、hm5C、甲尿嘧啶(ψ)与肌苷(I)等多种表观转录修饰存在于mRNA上,影响mRNA的代谢与功能[1],是一种重要的基因表达调控方式(图1)。这些表观转录组修饰由特定的酶添加(Writer)或去除(Eraser),可被特定的蛋白识别(Reader)。表观转录修饰水平的异常,以及相关酶或蛋白的异常,与许多疾病的发生紧密关联。
          m6A是真核生物mRNA上含量最丰富的表观转录修饰,参与调控mRNA的二级结构、剪切、成熟、细胞定位与翻译等过程。m6A由甲基转移酶复合物(包含METTL3,METTL14,WTAP,KIAA1429,RBM15,RBM15B)催化产生,可被去甲基化酶ALKBH5或FTO去除。目前已发现了多种特异性识别m6A位点的蛋白或复合物,包括YTH家族蛋白(YTHDF1-3,YTHDC1)、转录起始复合物eIF3、核糖核蛋白(HNRNPA2B1,HNRNPC)以及RNA结合蛋白SRSF2(表1)。m6A的动态调控在减数分裂与细胞多潜能分化等过程中发挥着重要作用[3]。与正常组织相比,肿瘤干细胞中的m6A修饰水平显著升高。高水平的m6A增强了多个关键肿瘤基因的蛋白表达,从而促进肿瘤干细胞的增殖与肿瘤的发生发展,且常与不良预后有关。此外,METTL3[4]、FTO[2]及ALKBH5[5]等表观转录相关蛋白因子在肿瘤的发生发展中也发挥着关键性作用。在病毒RNA上也检测到了m6A修饰,其与病毒感染及复制有关。

          显而易见,表观转录修饰与表观转录修饰相关蛋白在基因表达调控中发挥着至关重要的作用。然而,目前对其研究才刚刚起步。为了帮助研究人员更方便快捷的进行表观转录组学研究,Arraystar开发了市场上首款检测表观转录修饰相关蛋白因子的PCR芯片。此款芯片可同时检测89个已知的或潜在的表观转录修饰相关蛋白,是表观转录研究的强有力工具。

     

    图1.mRNA表观转录修饰及其生物学功能。



    m6A m5C I ψ m1A
    Writers KIAA1429, METTL3, METTL4, METTL14, RBM15, RBM15B, WTAP NSUN2, TRDMT1 ADAR, ADARB1, ADARB2 DKC1, PUS1, PUS3, PUS7, TRUB1 None identified
    rasers ALKBH5, FTO TET1, TET2, TET3 None identified None identified ALKBH1, ALKBH3
    Readers YTH Family, eIF3 complex, HNRNPA2B1, HNRNPC, SRSF2 None identified None identified None identified None identified

    表1. 已发现的人属mRNA修饰酶(writer)、去修饰酶(Eraser)和修饰识别蛋白(Reader)。


    参考文献
    1. Gilbert, W.V., et al. (2016). Messenger RNA modifications: Form, distribution, and function. Science 352, 1408-1412, PMID:27313037.
    2. Iles, M.M., et al. (2013). A variant in FTO shows association with melanoma risk not due to BMI. Nature genetics 45, 428-432, 432e421, PMID:23455637.
    3. Klungland, A., et al. (2016). Reversible RNA modifications in meiosis and pluripotency. Nature methods 14, 18-22, PMID:28032624.
    4. Lin, S., et al. (2016). The m(6)A Methyltransferase METTL3 Promotes Translation in Human Cancer Cells. Molecular cell 62, 335-345, PMID:27117702.
    5. Zhang, C., et al. (2016). Hypoxia induces the breast cancer stem cell phenotype by HIF-dependent and ALKBH5-mediated m(6)A-demethylation of NANOG mRNA. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 113, E2047-2056, PMID:27001847.

  • ?覆盖度广—覆盖了所有目前已知的表观转录修饰相关蛋白
    ?转录本水平检测—检测编码Uniprot经典蛋白的转录本
    ?严谨性强—所有引物都通过了多样本严格验证
    ?快速简易—即用型384孔板规格,只需将cDNA与qPCR Master Mix混合试剂加入PCR板中,4小时内得到实验结果。cDNA无需预先扩增。

  • 表观转录修饰相关蛋白检测列表

    m6A

    Writers: KIAA1429, METTL14, METTL3, METTL4, RBM15, RBM15B, WTAP

    Readers: DGCR8, EIF3A, EIF3B, ELAVL1, HNRNPA2, HNRNPB1, HNRNPC1, HNRNPC2, SRSF2, YTHDC1, YTHDC2, YTHDF1, YTHDF2, YTHDF3

    Erasers: ALKBH5, FTO

    m1A

    Writers: HSD17B10, KIAA0391, TRMT10C, TRMT6, TRMT61A, TRMT61B

    Erasers: ALKBH1, ALKBH3

    m5C

    Writers: DNMT1 , DNMT3A, DNMT3B, DNMT3L, NOP2, NSUN2, NSUN3, NSUN4, NSUN5, TRDMT1

    Readers: MECP2, UHRF1

    Erasers: TET1, TET2, TET3

    hm5C

    Writers: TET1, TET2, TET3

    Readers: CHTOP, EGR1, ERH, HMCES, MEP50, MGME1, NEIL1, PRMT1, PRMT5, SMUG1, TDG, THYN1, WDR76, WT1

    Inosine

    Writers: ADAD1, ADAD2, ADAR, ADARB1, ADARB2, ADAT1, ADAT2, ADAT3

    Pseudouridine

    Writers: DKC1, GAR1, NAF1, NHP2, NOP10, PUS1, PUS10, PUS3, PUS7, PUS7L, PUSL1, RPUSD1, RPUSD2, RPUSD3, RPUSD4, TRUB1, TRUB2

    Other modifications (m7G)

    CMTR1, CMTR2, RNGTT, RNMT

  • Aksomics使用Arraystar的芯片为客户提供服务,以下为相关资料:

    产品说明书:adobe_pdf_smallManual_NuRNA?_Human_Epitranscriptomics_PCR_Array_v1.02

    分析工具:excelAnalysis Tool for NuRNA? Human Epitranscriptomics PCR Array_v1.0