转录组学

  • lncRNA芯片结果包含基本数据分析有哪些?深入数据分析有哪些?

    基本数据分析:差异表达mRNA及LncRNA;分层聚类,Scatter Plot(散点图),volcano plot;差异表达mRNA的GO和pathway分析;特色lncRNA子类分析。


    深入数据分析:CNC分析;ceRNA分析;趋势(STEM)分析;lncRNA-GSEA分析;差异高保守lncRNA、差异组织特异性lncRNA、差异生物学过程相关lncRNA、差异疾病相关lncRNA分析(仅针对human lncRNA芯片 V4.0)。

  • 为什么LncRNA芯片报告中有重复行?

           LncRNA有重复行是因为报告中会注释lncRNA的临近基因转录本,而当一个lncRNA有多个临近基因转录本,在报告中的具体表现就是出现多行,而每一行的区别就是注释的Associated_gene_acc名称不同。

  • 我想在购买芯片服务之前看看感兴趣的lncRNA是否在芯片上。贵公司是否可以提供芯片上所有lncRNA探针的详细序列列表?

    Arraystar不提供芯片上所有探针的列表,这些数据属于Arraystar知识产权。但是,您可以将lncRNA列表发送给我们,我们可以和arraystar的技术支持联系查询,以确定芯片上是否包含您感兴趣的LncRNA。
  • 是否每个lncRNA都有polyA 尾巴?数据库里是否是全长序列,是否一定要做RACE?

           约75%的lncRNA具有polyA尾巴,其余的没有?!皊ource”为RefSeq、UCSC或GENCODE数据库的lncRNA是经过充分验证确定的lncRNA,不用做RACE,更建议选用?!皊ource”为其他数据库的lncRNA需要RACE获取详细的序列信息。


  • Arraystar lncRNA芯片探针设计如何做到转录本特异性?有什么优势?

    同一个基因转录的不同转录本都设计有单独的检测探针,这些探针设计在不同转录本特异的区域,如外显子剪接拼接位点。能够实现对不同转录本的准确、特异性检测,这对分析lncRNA功能极为关键。

FAQ其它分类